בדיקת האולטראסונד האנדוסקופי נעשת באמצעות אנדוסקופ שעליו ישנו מתמר אולטראסאונד. המתמר מאפשר לראות היטב את דופן האיבר הנבדק במערכת העיכול והאיברים הסמוכים לו. הסמיכות לאיברי הבטן דוגמת הלבלב ודרכי המרה מאפשרת הדגמה טובה יותר שלהם. ניתן בנוסף לקחת דגימות מאיזורים החשודים לממאירות , למשל גוש בלבלב או בלוטות לימפה מוגדלות בסמוך למערכת העיכול. הפעולה מאפשרת גם ניקוז של ציסטות בלבלב.
הפעולה נעשת כמו כל פעולה אנדוסקופית אחרת עם תרופות המרדימות או מטשטשות את החולה. הפעולה ניתנת להתבצע דרך הפה בצום או דרך פי הטבעת בהכנה מתאימה לקולונוסקופיה.לאחר הפעולה החולה מתאושש כשעה.